Летом 1996 года, в канун Дня железнодорожника, был заложен первый кирпич в фундамент нового вокзального комплекса. Строительные работы велись без прекращения движения пассажирских и пригородных поездов через станцию Самара по разработанной временной технологии.

25 мая 1999 года состоялось открытие 1-го пускового комплекса вокзала — распределительного зала, где разместился зал ожидания, оборудованный лифтами, электронными информационными стендами и вывесками, громкоговорящей системой оповещения и телефонами, а также оснащённый 155 видеокамерами безопасности.

В декабре 1999 года был введён в эксплуатацию пешеходный тоннель протяжённостью свыше 240 м, связавший привокзальную площадь с посадочными платформами вокзала. 2-й пусковой комплекс, в котором разместилась гостиница, был введён в эксплуатацию 3 июня 2000 года.

Строительство первой очереди вокзала завершилось 24 декабря 2001 года открытием 3-го пускового комплекса — высотной части здания вокзала. В здании разместились вестибюль сервис-центра, залы ожидания пассажиров, культурный центр с видеозалом, помещения административно-хозяйственной и технической служб вокзала.